Züge auf der alten Stammstrecke (24/h): 

• S2 im 15-Minuten-Takt: Deisenhofen - Dachau. 30-Minuten-Takt nach Altomünster, 30-Minuten-Takt nach Pfaffenhofen, 30-Minuten-Takt nach Holzkirchen.
• S3 im 15-Minuten-Takt: Maisach - Grafing
• S4 im 15-Minuten-Takt: Geltendorf - Ostbahnhof (evtl. weiter nach Messestadt Nord)
• S5 im 15-Minuten-Takt: Weßling - Hallbermoos
• S6 im 15-Minuten-Takt: Starnberg - Erding. 30-Minuten-Takt nach Flughafen-Freising.
• S7 im 15-Minuten-Takt: Geretsried - Höhenkirchen-Siegertsbrunn. 30-Minuten-Takt nach Aying, 60-Minuten-Takt nach Kreuzstraße.

Züge auf der neuen Stammstrecke (HVZ 18/h, NVZ 14/h)

• E1 im 15-Minuten-Takt: Freising - Leuchtenbergring. 30-Minuten-Takt nach Landshut. 30-Minuten-Takt nach Erding (geflügelt in Neufahrn)
• E2 im 15-Minuten-Takt: Dachau - Leuchtenbergring. [nicht eingezeichnet, HVZ-Verstärker]
• E3 im 15-Minuten-Takt: Augsburg - Rosenheim / Wasserburg [NVZ nur 30-Takt]
• E5 im 15-Minuten-Takt: Pasing - Flughafen. 30-Minuten-Takt nach Weßling.
• E6 im 30-Minuten-Takt: Kochel - Mühldorf [NVZ nur 60-Takt]

Tangenten:

• S20 im 60-Minuten-Takt: (Fürstenfeldbruck-) Pasing - Rosenheim
• S27 im 60-Minuten-Takt: Hauptbahnhof - Rosenheim 

Baumaßnahmen S-Bahn:

• 2. Stammstrecke
• Neufahrner Gegenkurve und 4-gleisiger Ausbau Neufahrn-Freising
• 3. Gleis zwischen Peterhausen und Pfaffenhofen.
• Höhenfreier Ausbau der S4-Einfädelung am Bahnhof Pasing
• 2-gleisige Begegnungsabschnitte für 30-Minuten-Takt zwischen Tutzing und Kochel
• Begegnungsabschnitte für 15-Minuten-Takt auf S7
• 3.+4. Gleis zwischen Grafing und Rosenheim.
• Elektrifizierung und Begegnungsabschnitte zwischen Ebersberg und Wasserburg/Inn
• Elektrifizierung und 2-gleisiger-Ausbau zwischen Markt Schwaben und Mühldorf
• Erdinger Kurve zum Flughafen
• 3. Gleis für Güterverkehr Daglfing-Johanneskirchen
• S20-Bahnsteig am Harras; Neuer Halt "Menterschwaige" (Verknüpfung mit Tram 25)

Baumaßnahmen U-Bahn:

• U9: Implerstraße - Hauptbahnhof - Pinakotheken - Münchner Freiheit
• Verlängerung der U9 (heute U6) von Garching nach Neufahrn